Климат Лиона — в основном континентальный, но с влиянием сравнительной близости к Средиземному морю.
Зимы сравнительно сухие, умеренно холодные, с холодными ветрами и в основном бесснежные, хотя бывают и сильные осадки; часто бывает изморозь; температура может изменяться на десяток градусов в течение дня. Лето обычно сухое, солнечное и жаркое, причём амплитуда температуры в течение суток иногда достигает двадцати градусов. Самая высокая температура +40,5 °C была зарегистрирована 13 августа 2003 года.
Несмотря на осушение болот, уменьшающее испарения, значительным остаётся число туманных дней осенью, зимой и весной.